רוב התיירים המגיעים לאי אגיסטרי לא מבצעים השכרת רכב, סגנון החופשה באגיסטרי של מלון קטן ליד חוף הים בכפר ציורי ומקסים ללא צורך בהתניידות ממקום למקום הם הסיבה לכך, אך עם זאת ניתן לבצע השכרת רכב באגיסטרי באופן מקומי כאשר תגיעו לשם, יש בישוב סקאלה שתי חברות המאפשרות השכרת רכב, קטנוע או טרקטורונים והמחירים נמוכים מהאיים "התירותיים" יותר של יוון, מחוץ לעונת התיירות אין צורך להזמין מראש, בעונת התיירות רצוי מאד להזמין מראש שכן אין מלאי גדול של כלי תחבורה על האי.
ללא ספק רכב קטנוע או טרקטורון הם נוחים מאד על אי אגיסטרי, איתם ניתן להגיע לעברו השני של האי, או להתנייד ממילוס עד קצה סקאלה, אם כי אין חובה בכך, כאמור רוב התיירים על האי וגם התושבים המקומיים מסתדרים היטב גם ללא רכב, הכל קטן וקרוב ויש גם קו אוטובוס נח המחבר בין הישובים על האי.
אופניים וקטנועים הם כלי התחבורה האופייניים ביותר באי אגיסטרי הם אופניים או קטנוע, כאל ניתן להשכיר במספר מיקומים בסקאלה ובמילוס, אגיסטרי הוא אי מקסים לטיול על אופניים, כבישים קצרים ונוחים וגם כך לגבי אופנועים.
